Để nói "Giáo Hội đã thay đổi Kinh Thánh", trước hết cần trả lời hai câu: thay đổi cái gì, và thay đổi vào thời điểm nào? Khi xét kỹ, giả thuyết này gặp bế tắc về cả mặt kỹ thuật lẫn động cơ.
Về mặt kỹ thuật — gần như bất khả thi. Như đã nói ở bài về bản chép tay, đến thế kỷ thứ 4 đã có vô số bản Tân Ước được sao chép độc lập và nằm rải rác khắp nơi — Ai Cập, Hy Lạp, Syria, Armenia, châu Âu. Muốn "bóp méo" Kinh Thánh, Giáo Hội sẽ phải đồng thời tìm cho ra tất cả các bản ở mọi vùng, tiêu hủy chúng, rồi soạn một bản mới và phân phối lại từ một nguồn duy nhất — mà không ai trên khắp thế giới nhận ra. Điều đó là không tưởng. Chính vì các bản được chép độc lập ở những nơi xa nhau mà nội dung vẫn khớp nhau, nên bất kỳ nỗ lực sửa đổi tập trung nào cũng sẽ lập tức lộ ra khi đối chiếu.
Về mặt thời điểm — Giáo Hội chưa có quyền lực đó. Khi hai Codex lớn (Sinaiticus và Vaticanus) được chép, Kitô giáo chỉ vừa được hợp pháp hóa trong đế quốc La Mã (năm 313, dưới thời Constantinô), sau nhiều thế kỷ bị bách hại. Lúc ấy Giáo Hội không hề là một tổ chức toàn quyền có thể âm thầm sửa mọi bản chép trên thế giới.
Về mặt động cơ — câu chuyện tự tố cáo giả thuyết này. Nếu Giáo Hội (hay đế quốc La Mã) bịa ra Kitô giáo để kiểm soát dân, tại sao họ lại tự viết chính mình là "kẻ ác" trong câu chuyện — kể rằng các Kitô hữu thời đầu bị bắt bớ, tù đày, giết hại suốt mấy thế kỷ trước năm 313? Người ta không dựng lên một công cụ tuyên truyền mà lại để phe mình chịu đủ mọi thất thế trong đó. Tương tự, các sách Tin Mừng còn ghi cả những chi tiết "bất lợi" — các Tông Đồ nhát đảm bỏ chạy, phụ nữ là nhân chứng đầu tiên — điều mà một bản văn được "biên tập để có lợi" sẽ chẳng bao giờ giữ lại.
Điều này ăn khớp với cách Hội Thánh hiểu vai trò của mình với Kinh Thánh: Hội Thánh không phải tác giả đứng trên bản văn để tùy nghi sửa đổi. Sách Giáo Lý dạy rằng Thiên Chúa mới là tác giả của Thánh Kinh (x. ), còn Hội Thánh lãnh nhận và phân định đâu là các sách thánh nhờ Truyền Thống các Tông Đồ (x. ) — tức là gìn giữ và trao lại, chứ không phát minh hay bóp méo. Kết luận của giới học giả, tin hay không tin, đều đồng quy: bản văn ta có hôm nay rất gần bản gốc, và không có bằng chứng nào về một sự bóp méo có hệ thống.